بناى بقعه یا خانقاه شیخ خلیلاللّه ثانى که نواده شاه نعمتاللّه ولى است جزیى از مجموعه وسیعى بود که به عنوان خانقاه توسط شاه نعمتاللّه ولى ایجاد شده است. در حال حاضر بناى بقعه مربع شکل است و گنبدى آجرى بر فراز آن و اتاقى در سمت راست آن مشهور به مقبره سید محمد از مجموعه قدیم برجاى مانده است. در زیر گنبد صورت ۹ قبر دیده مى‌شود که بر همه آن‌ها سنگ مرمرهاى خوش‌تراش و ظریفى نصب شده است. بر این سنگ قبرها کتیبه‌هاى مختلف و نقش‌هاى گل و بوته حجارى کرده‌اند. سنگ قبر شاه خلیل داراى کتیبه‌هایى به خط ثلث و نسخ است. بر دو سنگ این سه بیت که ماده تاریخ کشته شدن شاه خلیلاللّه است به خط نسخ دیده مى‌شود. در این بقعه همچنین کاشى معرقى در بدنه دیوار اتاق دست راست خانقاه مشهور به مقبره سید محمد نصب شده که بر آن به خط نسخ خوش رنگ قهوه‌اى، حدیثى از پیامبر و به رنگ سفید، اشعارى مذهبى نوشته شده است. شاه خلیلاللّه ثانى، فرزند میرشاه تقى‌الدین و نبیره شاه نعمتاللّه ولى است که در هرات کشته شده و جسدش به تفت منتقل و در این بقعه به خاک سپرده شده است.
