منطقه حفاظت شده مراکان در جنوب سواحل رودخانه ارس و در شهرستان خوی قرار دارد. مرز شمالی این منطقه رودخانه مرزی ارس و جمهوری آذربایجان است. این منطقه از شمال به رودخانه ارس، از جنوب به دشت فرسایشی رودخانه قطور چای، از غرب به دشت‌های کشاورزی قره ضیاالدین و از شرق به جاده اصلی که از جلفا منشعب شده و به سمت جنوب ادامه می‌یابد، محدود می‌شود.
