از جمله آثار تاریخی بافران که بنای اصلی آن بر اساس شواهد موجود احتمالاً به قرون اولیه اسلامی می‌رسد، مسجد جامع بافران است. نظر عده‌ای بر این است که پیش از ورود دین مبین اسلام به بافران، این مسجد به عنوان آتشکده زرتشتیان، مورد استفاده بوده و فقدان محراب در ساختمان مسجد را مویّد این نکته می‌دانند. تنها سند تاریخی درباره بنای مسجد، کتیبه‌ای سنگی با ابعاد 20 × 20 سانتی‌متر است که بر بالای محراب فعلی مسجد، نصب شده است. بر روی کتیبه مزبور با خط ثلث برجسته، کلمه طیببه «لا اله الا الله، محمد رسول الله، علی ولی الله» حک شده و در پایین آن جمله «کَتَبَه حبیب الله» و «سنۀ 966» به چشم می‌خورد. جمله نخست، نشانگر نام نویسنده آن سنگ نوشته و عبارت دوّم با توجه به نزدیکی زمان ساخت مسجد جامع نایین و مسجد جامع بافران در قرن‌های اوّلیه اسلامی، نشان دهنده تاریخ تعمیر مسجد و نه تاریخ احداث آن است.
