مسجد میغان به طور کلی در یک مساحت محدود و کوچک ساخته شده است و اجزا معماری آن عبارت است از: صحن، شبستان گنبددار و شبستان ستوندار و گنبدخانه. در صحن مسجد قناتی جاری است که از زیر این قسمت عبور کرده و به طرف دیگر بنا می‌رود که در آن قسمت نیز این آب‌ها توسط آبگیری در پشت مسجد جمع شده و به مصارف مختلف به خصوص کشاورزی می‌رسد.
یک ورودی در صحن مسجد قرار دارد که به داخل شبستان گنبددار مرتبط می‌شود و محوطه‌ای مستطیل شکل را شامل می‌گردد که سقف آن گنبدی است و تعداد 3 گنبد در این فضا جای گرفته‌اند که زیر این گنبدها تزئینات رسمی‌بندی زیبایی مشاهده می‌گردد. از زیباترین قسمت‌های این مسجد که دارای معماری خاصی است، شبستان ستوندار آن می‌باشد که این بخش محوطه‌ای است که ستونهای چهار ضلعی، پایه سقف آن را تشکیل داده است.
