مسجد شیخ مظهر سقز با معماری کاملا سنتی و بومی کردستانات در اوایل دوره قاجاریه توسط چند نفر اهالی محلی بنا گردیده است. این مسجد به شکل مربع و با ارتفاعی مشرف به محلات مجاور در بهترین نقطه ممکن و در مرکز بافت قدیمی شهر سقز احداث گردیده است. استفاده از چوب، سنگ و آجر به عنوان مهم‌ترین عناصر معماری در ساختمان این گونه مساجد به بهترین شکل و شیوه ممکن صورت گرفته است. از لحاظ معماری بیرونی، ساختمان مسجد دارای سه نما است که این یکی از ویژگی‌ها و آراستگی‌های مسجد به شمار می‌رود. نمای اصلی مسجد که ایوان و محرابی تابستانی در پیشانی آن واقع شده، ضلع درب اصلی مسجد که مشرف به کوچه همجوار و وضوخانه است و در مقابل آن بالکنی آفتاب‌گیر واقع شده است و ضلع دیگر مسجد که مشرف به کوچه‌ای دیگر است و در آن ساختمان خادم مسجد و اقامتگاه طلبه‌های دینی در آن واقع شده است. کل معماری مسجد از هنر آجر تراشی و چوب بهره می‌برد. اما ارتفاع بلند و معظم ایوان تابستانی تا سطح زمین بوسیله سنگ چینی مستحکم و ضخیم بنا شده که بار اصلی برپا شدن مسجد بر روی این سنگ چین قرار داده شده است. به دلیل اینکه این مسجد همانند اغلب خانه‌های این منطقه بر سطحی شیب‌دار ایجاد شده است. معماران آن برای اینکه بتوانند مسجد را بر روی سطحی مسطح بنا کنند مجبور بوده‌اند در جلوی مسجد سکویی از سنگ‌های لاشه با ارتفاع در حدود ۴ متر بنا نمایند و سپس مسجد را بر روی این سکوی سنگی بنا کنند. در ضلع جنوبی شبستان علاوه بر محراب دو راه ارتباطی دیگر که دقیقا شکل محراب را دارند برای راه یافتن به ایوان تابستانی جلوی مسجد تعبیه شده است. از ایوان تابستانی تقریبا تمام شهر با چشم‌اندازی دل‌نواز مشاهده می‌شود. قطر دیوارهای این مسجد حدود یک متر و 3۰ سانتی متر است که در ضلع جنوبی و داخل محراب به وضوح می‌توان آن را مشاهده کرد. راز استحکام و پایداری بنا از دوره قاجاریه تا کنون بدون تردید همین ضخامت و ستبری دیوارهای آن است. در ضلع شرقی شبستان تعدادی طاقچه با اندازه‌های متفاوت قرار گرفته است که برای نگه‌داری مصحف‌ها و وسایل دیگر مربوط به مسجد استفاده می‌شود. در ضلع غربی مسجد علاوه بر دالان ارتباطی به شبستان اصلی مسجد دو اتاق دیگر نیز وجود دارد که در ادوار پیشین محل درس خواندن طلاب بوده است.
