کلیسای سن‌استپانوس بر اساس نظرات برخی افراد در اوایل دوران مسیحیت تأسیس شده است و برخی دیگر نیز زمان ساخت آن را مربوط به دوره صفویه می‌دانند. اما باید توجه داشت که شیوه معماری، مصالح و تزئینات داخلی، همگی شبیه به کلیسایی نظیر طاطائوس (مربوط به قرن چهارم تا ششم) هستند و البته مدتی بعد معماری این کلیسا به شیوه معماری ارمنی شهرت یافت. کلیسای سن‌استپانوس در یک دره واقع شده که اطراف آن را نیز کوه‌ها و چندین درخت پوشانده‌اند. این بنا شامل هفت برج نگهبانی و ۵ پشت استوانه‌ای سنگی است که در کل ساختاری قلعه‌مانند دارد. این کلیسا در وسط دیوار غربی خود دارای یک درب چوبی است که آهن‌کوبی شده و پایه‌های طرفین و طاق آن با دقت سنگ‌تراشی شده‌اند. البته شاهد نقش برجسته‌ای از مریم مقدس و کودکی حضرت عیسی (ع) نیز در این بخش هستیم. در دیوار‌های کناری این مکان نقش برجسته‌هایی وجود دارد که از جمله موضوع آن‌ها می‌توان به سنگسار استپانوس و به صلیب کشیده شدن حضرت عیسی اشاره کرد. کلیسای مذکور دارای سه ساختمان اصلی و برخی ساختمان‌های فرعی است که نمازخانه، اجاق دانیال و برج ناقوس بخش‌های اصلی آن را تشکیل می‌دهند.
