کویر بافق در فرورفتگی مشرق یزد که در واقع فرورفتگی اصلی کویر یزد می‌باشد، قرار گرفته است. رودخانه‌های اصلی این کویر به بخش جنوبی وارد شده و مخروط افکنه‌های حاشیه‌ای و معمولا سفید رنگ اطراف این کویر نشان دهنده شوری قابل توجه زمین‌های اطراف این کویر می‌باشد. طول کویر بافق در حدود 75 کیلومتر و عرض آن در حدود 20 کیلومتر بوده و مساحت آن در حدود 750 کیلومترمربع می‌باشد. %60 از آن را زمین‌های رسی و %40 از آن را نمکزار وسیعی پوشانده است. زمین‌های رسی بخش جنوبی و شمال غربی این کویر را پوشانده‌اند. رودخانه‌های جنوبی باعث تراکم زیاد گیاهان شور زیست در قسمت جنوبی این کویر شده‌اند، در حالی که در قسمت‌های شمالی و یا نزدیک سطح نمکزار به علت افزایش شوری زمین گیاهی مشاهده نمی‌شود. نمکزاری در قسمت شمالی کویر قرار گرفته که تقریبا تمام عرض کویر را از شرق به غرب قطع می‌کند. سطح این نمکزار را لکه‌های متحد‌المرکزی همراه با حوزه‌های کوچک باتلاقی می‌پوشاند که در بعضی نقاط به وسیله نمک تازه پوشیده شده است. با توجه به اینکه لبه‌های این قشر نمکی بطور موضعی شکسته و یا اینکه به طرف بالا برگشته، می‌توان تصور نمود که نمکزار فعلی بر روی سطح آب فوق‌العاده کم عمقی شناور بوده و یا بر روی لجن اشباع شده‌ای بستر گرفته است.
