این مسجد در محله قدیمی بافق، خیابان مسجد جامع واقع شده و در تاریخ ۱۵ دی ۱۳۷۵ با شماره ثبت ۱۸۲۸ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. مسجد جامع بافق که اصطلاحاً مردم به آن مسجد جمعه هم می‌گویند، در دو قسمت تابستانی و زمستانی طراحی شده است که در قسمت تابستانی آن شبستانی با بادگیرهای بزرگ به سبک مسجد جامع کبیر یزد در دو ردیف با پایه‌های محکم بنا شده که مسقف به دو لایه بوده است و امروزه تخریب شده و مسجد نوسازِ دیگری به سبک نوین بنا گردیده است. بنای مسجد چندان کهنه نیست و به عصر صفوی نمی‌نماید. در پیشانی ایوان و شبستان آن کاشی‌کاری قاجاری هست که قسمتی از آن ریخته است. درباره مؤسس و بانی اولیه مسجد سخنان زیادی بر سر زبان‌هاست و مشهورترین بانی و مؤسس، شخصی است بنام ملا محمد باقر که گفته می‌شود، مدتی امام جماعت مسجد را عهده‌دار بوده است.
