مسجد ملا رستم یکی از مساجد تاریخی دوره صفوی در مراغه است. بنای اصلی مسجد از سه واحد مختلف تشکیل می‌شود: شبستان اصلی، شبستان کوچک زمستانی و محل خرج دادن. در جهات مختلف شبستان، برای تامین روشنایی، پنجره‌هایی تعبیه کرده‌اند. در دیوار شمالی شبستان، چهار در بزرگ چوبی قرار دارد که در وسط آن، پنجره‌های مستطیل شکلی ترتیب داده‌اند. شبستان کوچک به صورت مستطیل شکل ساخته شده و در گذشته به علت مساحت کم و سقف کوتاه، تنها در زمستان‌ها از آن استفاده می‌شده است اما از هنگام متروک شدن شبستان بزرگ در تمام مدت سال مورد استفاده قرار می‌گیرد. در وسط تالار، شش ستون بر پاست که تیر حمال میانی سقف بر روی آن‌ها گذاشته شده است. یکی از ستون‌ها تماماً از سنگ مرمر است. پایه این ستون همانند دیگر ستون‌ها، از سنگ سیاه با تراش ساده است ولی سر ستون آن در دو ردیف دارای تراش مقرنس است و ساقه آن نیز مانند بدنه ستون‌های چوبی ساده، هشت ضلعی است. سرستون‌ها را به صورت قطاربندی چهار طبقه ترتیب داده‌اند. طرح روی طبقه‌ها عبارت است از قطارها یا نیم کاسه‌هایی که دور تا دور به صورت فرو رفته ایجاد شده‌اند. بر روی این قسمت، مکعبی قرار گرفته است که بر سطوح چهارگانه آن، ترنج‌های تزیینی نقش بسته است. شیوه ساخت سقف همانند شبستان بزرگ است. ظروفی که در این محل مورد استفاده قرار می گیرد مسی و غالباً عتیقه و قدیمی‌اند. سر در اصلی مسجد در بالا به صورت طاق‌نمایی با قوس تیزه‌دار ساخته شده و درون آن را با گچ‌بری مقرنس‌بندی کرده‌اند. بر روی حاشیه سردر، از گچ‌بری‌های شبکه‌ای و تزیینات هندسی ستاره‌ای شکل استفاده شده و کتیبه سنگ مرمری نیز در کنار این سردر نصب شده است. با توجه به شیوه ساخت و تزیینات به نظر می‌رسد که این بنا در اوایل دوره شاه طهماسب صفوی ساخته شده باشد . این بنا به شماره 1614/3 به ثبت تاریخی رسیده است.
