این مسجد که در نائین به مسجد خواجه هم معروف است، در محله نوگاباد و در انتهای بازار نائین قرار گرفته است به نحوی که ورودی آن کاملاً در جلو راستای بازار واقع شده است. این مسجد با الگو برداری از مسجد پیامبر در مدینه ساخته شده است. مسجد دارای شبستان ستون‌دار است و بخشی از آن از مسجدهای بو مسلمی گرقته شده است و در زمان آل بویه و آل کاکویه بخش‌هایی به آن افزوده شد. بخش شبستان جنوبی قدیمی‌ترین قسمت آن بود که در شیوه معماری رازی دگرگون شد. درب ورودی مسجد که از زیبایی بسیاری برخوردار است، بیانگر قدمت مسجد است. شبستان و مهتابی شمالی مسجد از قسمت‌های قابل توجه بنا به شمار می‌روند. در این مسجد دو نوع کتیبه وجود دارد که یکی از آنها گچبری است و دومی با رنگ روی گچ ترسیم شده است. کتیبه‌هایی که با رنگ ترسیم شده متعلق به قرن پنجم هجری و به خط کوفی و بر روی سردر مسجد از داخل می‌باشد.
