این بنای تاریخی در محله محمدیه یکی از محلات قدیم شهر نائین واقع شده است. مسجد سر کوچه محمدیه متعلق به قرون اولیه هجری بوده که بیش از یک هزار سال قدمت دارد و از نظر شکل و پلان کاملاً با مساجد دیگر متفاوت بوده و یکی از ویژگی‌های مهم بنای مذکور می‌باشد. این بنا فاقد صحن یا حیاط بوده، پلان آن به صورت مستطیل شکل یا گنبدی در مرکز ساخته شده است. از ویژگی‌های مهم بنای تاریخی مسجد سرکوچه محمدیه کتیبه‌های کوفی متعدد در قسمت فوقانی دیوارها و گنبد مسجد بوده که کل کتیبه‌های آن با رنگ لاجوردی روی گچ و با خط کوفی ترسیم شده که قسمت ساقه گنبد کوچک آن آیه 18 سوره توبه ترسیم شده است. در قسمتی ازمسجد نام عشره مبشره به اضافه «بسم الله الرحمن الرحیم» نمایان است. روبروی محراب، تاریخ کتیبه‌ها به خط عربی به سال 469 هجری قمری دیده می‌شود. به گفته مدنیان کارشناس میراث فرهنگی و گردشگری نائین در سال‌های گذشته تمامی قسمت‌های بدنه‌ها، گنبد و کتیبه‌ها توسط این سازمان مرمت و استحکام‌بخشی گردیده است. مقدار زیادی از جمله استحکام‌بخشی کتیبه‌ها و دیوارهای گنبد و تعمیرات خود بنا انجام شده است. این بنا درفهرست آثار ملی به ثبت رسیده است. مسجد سرکوچه محمدیه در محمدیه شهر نائین و درست در مرکز بافت قدیم این محل ساخته شده است. این مسجد پلانی کاملاً متفاوت از دیگر مساجد تاریخی داشته و آن به صورت مستطیل شکل با گنبدی خشتی در وسط بنا ساخته شده است.
