از ویژگی‌های مهم این بنا، دو محراب آن است، محراب بزرگ یا اولیه مسجد همانند بناهای مغولی ساخته شده است و با جهت قطب مغناطیسی شمال 47 درجه اختلاف دارد و به منظور اصلاح محراب اولیه، محراب دومی ساخته شده است که این محراب به قدری قبله سابق این مسجد را اصلاح می‌کند. سر در ورودی این مسجد، ارتفاع زیادی دارد و در سه گوشه به وسیله سه طاق‌نما، پایه چهارگوش آن، به هشت گوش تبدیل می‌شود. در سمت جنوبی مدخل ورودی، شبستانی با طاق‌های مقرنس زیبایی است. اگر چه بنای مسجد جامع ابرکوه را مربوط به دوره تیموری می‌دانند ولی بنای اصلی آن، از دوره تیموری قدیمی‌تر است. این بنا در دوران سلطنت «سلطان ابوسعید» در سال 728 ه.ق مورد تعمیرات اساسی قرار گرفت و محراب گچبری زیبایی در ایوان شرقی آن نصب شد. محراب اصلی سنگی که دارای دو ستون بوده و از جنس مرمر است. مسجد جامع ابرکوه با مجموعه‌ای غنی از انواع هنرهای تزیینی معماری به شماره 197 در تاریخ نهم مرداد ماه سال 1312 در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
