کلیسای چوپان درغرب شهر مرزی جلفا، در ساحل رود ارس و در محدوده استان آذربایجان شرقی واقع است. این کلیسا که در قرن 16 میلادی ساخته شده و در سال 1836 میلادی بازسازی کلی گردیده است، طبق روایاتی محل عبادت چوپانان ارمنی ساکن روستاهای اطراف دره شام بوده است. پلان کلیسا از خارج مربعی شکل به ابعاد 7.7 در 5.7 متر و از داخل صلیبی شکل بوده و به‌طور کلی کلیسای کوچکی محسوب می‌گردد. ورودی اصلی در قسمت غربی بنا قرار داشته و محراب آن در سمت شرق بنا می‌باشد. مصالح به‌کاررفته در ساختمان آن سنگ و ملات است و سطح دیوارهای داخلی با گچ پوشانده شده است. بنا فاقد هرگونه حجاری است. این کلیسا دارای گنبد کوچکی با پلان دایره‌شکل است که بر روی آن چهار نورگیر در چهار جهت تعبیه شده است. در سمت غرب کلیسا آثار و بقایای بنای ویران‌شده‌ای موجود است که احتمالا بخشی ازکلیسا را تشکیل داده است. در محوطه اطراف کلیسا سنگ صلیبهایی بوده است که جهت حفظ آنها تعدادی به تبریز منتقل گردیده است. در تابستان سال 1385 میلادی قسمت‌هایی از کلیسا تخریب گردید که در حال حاضر توسط سازمان میراث فرهنگی مرمت می‌گردد.
